Beim überprüfen der Wasserschäden durch den Sturm der letzten beiden Episoden, stoßen zwei Leute von Dr. McKay's Team auf ein Virenlabor der Antiker. Die Glasröhrchen die einen Nanovirus unbekannter Herkunft enthielten, sind zerstört. Dr. McKay muss ansehen wie einer der zwei bereits tot ist und die andere vor seinen und den Augen seines Teams stirbt.
Durch eine Quarantäne der Sektion soll der Virus begrenzt werden, da er sich offenbar über die Luft ausbreitet, einer von McKay'a Kollegen jedoch verfällt in Panik und flüchtet. Als er durch einen Transporter zur Messe beamt wird das hier noch intakte Sicherheitssystem der Stadt aktiviert und sie sperrt jeglichen Zugriff auf den Hauptspeicher und riegelt jede Tür ab. Die Einzigen die sich noch frei bewegen können sind Sheppard und Tayla, die beide Biohazard-Anzüge tragen.
Derweil sterben weitere Menschen und man findet heraus, dass sie alle durch ein geplatztes Aneurisma über dem visuellen Kortex gestorben sind. Der Virus gaukelt dem Opfer vor "etwas geisterhaftes, erschreckendes" zu sehen. McKay findet den Virus in der Datenbank der Antker - es handelt sich um einen künstlichen Nanovirus. Er glaubt weiterhin er könne ihn durch einen massiven EM-Impuls "abschalten", doch der Generator hat nciht genug Leistung...
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