Ein Mann namens Bob bietet Mohinder eine Forschungsposition bei der Firma an, welche er annimmt. Gemeinsam mit Noah Bennet will er die Company nun zerstören.

In Honduras flüchten derweil die Geschwister Maya und Alejandro Herrera und wollen nach New York zu Chandra Suresh, da Maya vernichtende Kräfte hat. Sie lassen sich mit illegalen Schleppern ein, um so die Grenze in die USA zu übertreten. Doch Maya verliert die Kontrolle über ihre Kräfte und tötet versehentlich die Schlepper.

Die Bennets sind nach Costa Verde (Kalifornien) gezogen, wo sie ein neues Leben beginnen möchten. Nun arbeitet Noah bei einer echten Papierfirma.

Hiro trifft im Japan der Vergangenheit erstmals Takezo Kensei, der in Wirklichkeit Brite ist.

Matt besteht mit seinen Kräften den Detective Test. Die von Alpträumen geplagte Molly wohnt wegen seiner Scheidung mit Janice bei ihm.

Kaito bemerkt ein Foto von ihm mit dem Symbol des Krieger Takezo Keinsei drauf. Auch Angela hat so ein Foto. Sie sind sich einig, dass das Foto von "einem von ihnen" ist. Bald darauf wird er von einem vermummten Mann getötet.

Auf ihrer neuen Schule sieht ihr Mitschüler West, wie Claire sich selbst heilt. Sie streitet das ab. Trotz anfänglicher Skepsis jedoch kommen sie sich näher und vertrauen einander ihre Kräfte an. West kann fliegen. Später findet Claire heraus, dass Bennet West einst entführte.

Hiro, Kensei und die Tochter des entführten Dorfschmiedes, Yaeko, wollen Yaekos Vater von einer Gruppe namens White Beard retten, die Japan übernehmen will.

Peter wird von einer irischen Bande in einem Container gefunden. Er kann sich an nichts mehr erinnern. Sie entführen und misshandeln ihn. Lediglich Caitlin kümmert sich um Peter und erfährt von Peters Kräften, an die er selbst sich nicht erinnern kann. Er nimmt gezwungenermaßen an einem Überfall der Bande teil, um eine Box zu bekommen, die über seine Vergangenheit Aufschluss geben soll. Später sucht eine gewisse Elle nach Peter und tötet sogar ein Bandenmitglied deswegen mithilfe ihrer Fähigkeit, der Elektrizität. Nachdem Peter ein Zukunfts-Bild von Montreal gemalt hat, begeben sich Peter und Caitlin, die sich immer näher stehen, dorthin.

Noah weiß über Kaitos Fall bescheit und will sieben weitere Menschen finden, die noch sterben müssen werden.

Maya und Alejandro tun sich bei ihrer Flucht mit dem Amerikaner Derek zusammen. Später nehmen sie auch Sylar mit, dessen Kräfte nicht mehr funktionieren, woraufhin er Candice umgebracht hat. Er tötet Derek heimlich und erfährt von Mayas Kraft. Gemeinsam wollen sie nun nach New York.

Angela wird wegen dem Mord an Kaito verhaftet. Obwohl sie nichts von sich gibt, weiß Matt, dass sie unschuldig ist und tut sich mit Nathan zusammen, um Licht in Kaitos Tod zu bringen.

Hiro und Yaeko verlieben sich ineinander, was Kensei schwer enttäuscht. Sie können Yaekos Vater befreien. Als Hiro jedoch ein Waffenlager der White Beards zerstören will, stellt sich ihm Kensei in den Weg, der nun zu den White Beards gehört. Hiro kann ihn und das Waffenlager in die Luft jagen, behält aber seinen Glauben an Kensei.
Nach D.L.'s Tod lädt Niki Micah bei seiner Großmutter ab. Sie selbst geht zur Company, um Jessica endlich los zu werden.

Monica, Micahs Cousine kann alles nachmachen, was sie einmal sieht. Sie und Micah erzählen sich von ihren Kräften.

Nathan zeigt Matt ein Foto mit zwölf Menschen drauf. Neben Angela und Linderman ist auch Matts verschwundener Vater und Mann von Mollys Albträumen Maury drauf. Als sie ihn lokalisiert, fällt sie ins Koma. Matt und Nathan fahren zu ihm, doch dieser zieht sie in eigens kreierte Albträume hinein und kann flüchten.

Noah und der Haitianer fahren in die Ukraine zu Ivan, einem Mitarbeiter der Company. Sie erfahren von ihm, wo sich einige verschwundene Bilder von Isaac befinden und töten ihn.

Mohinder bringt Molly zur Company, um Molly helfen zu können. Die Company will, dass er Menschen mit Fähigkeiten mit dem Shanti-Virus infiziert, doch dieser weigert sich wegen einer Ausbreitungsgefahr des Virus.

Sylar motiviert Monica, die Grenzposten gezielt zu vernichten, was einen Keil zwischen sie und Alejandro treibt.

Da Claire nicht in die Cheerleadermannschaft aufgenommen wurde, inszenieren sie und West etwas, um Debbie vor allen als verwirrte Psychopatin darzustellen. Claire nimmt Debbies Platz ein. Am nächsten Morgen steht ein Artikel über Debbie in der Zeitung, woraufhin Bennet sofort umziehen will.

Niki ist Mohinders neue Partnerin bei der Company. Sie ist so froh, dass die Company ihr helfen will, dass auch sie ihr helfen will.

In Montreal findet Peter von einem Adam die Nachricht, dass er wegen der Company Recht hätte und dass sie böse wäre. Plötzlich sind er und Caitlin in einem völlig leeren New York 2008. Sie erfahren, dass das Shanti-Virus sich ausgebreitet und 93% der Bevölkerung vernichtet hat. Angela hilft Peter, sich an seine Vergangenheit zu erinnern. Plötzlich aber steht er wieder alleine in einem völlig anderen Raum, als Adam, der die selbe Person, wie Takezo Kensei ist, ihm erscheint.

Bob klärt Mohinder über Adam Monroe auf. Er war ein Gründer der Company, ist aber böse geworden und wurde eingesperrt, ist aber vor zwei Wochen entkommen.

West findet heraus, dass Bennet ihn früher einmal entführt hat.

Maury will Matt und Niki in einen Alptraum ziehen. Aus Verzweiflung spritzt sich Niki selbst den Shanti-Virus, während Matt sich und Molly retten und Maury in seinem eigenen Alptraum einsperren kann. Doch Mohinders Blut wirkt nicht mehr als Antikörper, somit ist Niki nun in großer Gefahr. Weiterhin erzählt er Bob, dass er und Bennet sich zusammengetan haben, um die Firma zu zerstören. Er vertraut der Company immer mehr.

Hiro erfährt zurück in der Gegenwart vom Tod seines Vaters. Er will es unbedingt verhindern, merkt jedoch, dass er es nicht darf. Dennoch schaut er nach, wer seinen Vater umgebracht hat: Es war Kensei/Adam.

Wir erfahren nun, was vor vier Monaten nach der Explosion geschah:
Nachdem Peter explodiert ist, kann er den völlig verbrannten und verstrahlten Nathan ins Krankenhaus bringen, wird aber dann von Elle, die zur Company gehört, eingesperrt. Sie suchen nach einem Mittel gegen Peters Kräfte. Er sitzt direkt neben Adam ein, der ihm von eben dem Mittel erzählt, welches die Company schon 30 Jahre entwickelt. Gemeinsam können sie flüchten. Adam hat heilendes Blut, mit dem sie Nathan heilen. Peter wird wieder geschnappt, diesmal vom Haitianer, der ihm sämtliche Erinnerungen löscht und in einen Container steckt.

Nachdem Maya auf Alejandros Hochzeit erfährt, dass ihre Schwägerin Alejandro mit ihrem Ex betrügt, vernichtet sie versehentlich die Hochzeitsgesellschaft, bis auf Alejandro. Sie müssen fliehen.

D.L. überlebt seine schweren Verletzungen und wird Feuerwehrmann. Er bekommt sogar eine Ehrenmedaille. Niki nimmt an einem Programm der Company teil, bei dem sie Pillen verabreicht bekommt. Als sie jedoch aufhört, sie zu nehmen, kommt eine neue Persönlichkeit, Gina, hervor, die nach L.A. flüchtet. D.L. folgt Niki/Gina und kann sie überreden, mit ihm zu gehen, wird aber von einem Verehrer Ginas erschossen.

Zurück in der Gegenwart:

Claire und Bennet streiten sich wegen des Umzuges und Wests Entführung
Bennet erfährt, dass Mohinder ihn mit der Company betrügt. Er entführt Bennet, während Bob sich Claire holt, um an ihr Blut zu gelangen, welches das Shanti-Virus bekämpfen könnte. Bennet gelingt mithilfe von West die Flucht, er kann sich außerdem Bobs Tochter Elle schnappen. Er erzählt ihr von den Experimenten, die Bob an ihr gemacht hat. Bob und Bennet beschließen, ihre Töchter wieder zu tauschen. Dabei wird Bennet erschossen. Später jedoch heilt Mohinder Bennet mit Claires Blut.

Adam und Peter beschließen, Victoria Pratt, ein Gründungsmitglied der Company zu suchen, um an das Virus heranzukommen und die Katastrophe zu verhindern. Sie finden den Standort des Virus heraus und Adam tötet Victoria.

Maya kann mithilfe Sylars ihre Kräfte kontrollieren. Sie kommen sich immer näher. Sie tun sich gegen Alejandro zusammen, den Sylar dann ohne Mayas Wissen ermordet.

Hiro findet heraus, dass Adam den Shanti-Virus in Wirklichkeit freisetzen und nicht vernichten will und stellt sich mit Matt und Nathan Peter und Adam in den Weg, als sie ihn stehlen wollen. Peter erfährt die Wahrheit über Adam und vernichtet den Virus, während Hiro Adam in einem Grab einsperrt.

Micahs Rucksack ist verschwunden. Als Monica ihn von einer Gang wiederbeschaffen will, wird sie gefangen genommen. Niki, die nun wieder zurückgekehrt ist, kann Monica auch ohne ihre Kräfte befreien, stirbt dabei aber selbst.

Sylar und Maya kommen bei Mohinder an. Als Maya die Wahrheit über Sylar erfährt, erschießt er sie. Durch Claires Blut wird sie jedoch wieder geheilt. Sylar kann mit dem restlichen Blut fliehen.

Noah muss zurück zur Company, um seiner Familie ein normales Leben zu ermöglichen.

Nathan, Matt und Peter wollen auf einer Pressekonferenz ihre Kräfte und die Machenschaften der Company darlegen, als Nathan aus dem Hinterhalt erschossen wird. Später meint Angela während eines Telefonates, dass dies notwendig war.