Also bei meiner neuen IBM-Platte (82,3 GB) musste ich auch erst einmal eine logische Partition anlegen, da es anders nicht ging. Die Platte wurde zwar vom Bios erkannt, aber ich konnte mit ihr nichts machen, bis ich sie partitioniert (1 grosse Partition) und formatiert habe.

Welches Format die Partition nacher hat, ist wie Malcom schon sagte, eine Sache des OS und wird bei der Installation festgelegt. Bei Linux läuft das nicht anders und da hab ich kein FAT oder NTFS.
Gut bei mir ist XP Pro drauf und kein Linux, aber ich habe sowas auch schon mit Linux gemacht.