Wie viele Partitionen hast Du (wie viele Laufwerksbuchstaben)???
Wenn Du zwei hast (ohne CD-ROM), so würde dies reichen. Man kann die alten Partitionen so belassen wie sie sind. Sprich, man formatiert nur die primäre Partition (die auf welcher jetzt Win98 installiert ist). Dies bedeutet, dass Du alle Deine Daten auf die zweite Partition kopierst.
Danach startest Du die Installation, wie oben beschrieben. Allerdings, löscht Du nur die erste (System) Partition und legst diese neu an. Du markierst sie und drückst danach Enter. Jetzt wirst Du wieder gefragt in welchen Dateisystem formatiert werden soll, da nimmst Du auch NTFS.
So kannst Du neu Aufsetzen, ohne Deine Daten zu verlieren. Wenn Du fertig bist, hast Du auf der C: Partition Dein Betriebssystem (Win2000) und auf D: Deine alten Daten. Solltest Du die D: Platte auch auf NTFS formatieren wollen, kopierst Du einfach alles auf C: und formatierst D:.