Dann fangen wir mal an.

Klar kannst du deine zweite Platte für Linux formatieren und dann da installieren. Du kannst im Installationsmenü von Linux (zumindest bei SuSE) auswählen von wo gebootet werden soll, ob von Platte 1, 2 oder Floppy.

Wenn du sichergehen willst, dann geh her und mach eine Bootdiskette für Linux. Du kannst dann nur Linux booten wenn die Diskette im Laufwerk ist. Ansonsten wird Windows gebottet. Somit umgehst du viele Probleme oder auch Ängste was den Bootsektor angeht.

Bleib lieber bei deinem NTFS, denn soweit ich weiss kommt zumindest bei SuSE eine Unterstützung für dieses Format in Kürze. Ich meine gelesen zu haben, das die aktuelle Version es kann, bin mir aber nicht sicher.

Wenn du alles platt machen willst, dann kannst du auch so anfangen, dass du zuerst Linux installierst und dann Windows. Dann umgehst du einige Probleme. Zwingend ist das aber nicht.