Daß die Gründer über die Einmischung der Föderation nicht erfreut sein und opponieren werden, ist mir klar; nur bin ich mir sicher, daß sie aus den Fehlern des ersten Krieges gelernt haben bzw. durch die Verluste noch so geschwächt sind, daß sie eine offene Konfrontation vermeiden werden. Sie mögen zwar ideologisch verbohrt sein, aber nicht dämlich ... wie z.B. besagte Heeresleitung aus Deinem Beispiel.
Sie hätten doch genügend andere Mittel - mit ihrer verbliebenen Militärmacht wären Blockaden möglich, sie könnten Embargen verhängen (das Dominion muss ja auch eine Handelsmacht hinter sich haben), und Infiltration des Feindes ist für sie kein unbekanntes Mittel (siehe DS9).

Von Deckungsgleichheit der Geschichten im Falle eines Krieges (den die Drehbuchautoren verhindern mögen) zu sprechen, halte ich für unangebracht; zwar ist die militärische Position ähnlich, aber die Beweggründe sind unterschiedlich, ebenso die strategischen Möglichkeiten, die der Föderation zur Verfügung ständen.

Geschichten von Erkundung und Forschung im Stile von TNG, kombiniert mit Geschichten aus der Welt von Diplomatie und Geheimdiensten, alles unter der Maxime der Gewaltvermeidung - darauf will ich hinaus. Ein einfacher Handlungsbogen, der die Serie überspannt (die Annäherung des Planeten an die Föderation), darunter ein- und mehrteilige Geschichten der o.g. Themenbereiche.