Da spielen mehrere Faktoren eine Rolle...

1) Die Geschichte der Fremen.
Die Fremen waren eine unterdrückte religiöse Minderheit, die man immer wieder von Planet zu Planet umgesiedelt hat, wenn sie nicht mehr erwünscht waren. Nachdem sie dank Muad'dib endlich über echte Macht verfügten, habe sie ihre Blutrache an den andern Völkern des Imperiums geübt. Sie haben sich für Jahrtausende der Verfolgung und Unterdrückung gerächt. Das ganze hatte eine Eigendynamik, die Paul nicht unter Kontrolle bringen wollte.

2) Muad'sibs Rolle als Messias.
An die Rolle eines Messias sind bestimmte Erwartungen geknüpft. Für die Fremen waren das Macht und die Möglichkeit, sich zu rächen. Paul wußte das, als er die Rolle des Messias der Fremen übernahm. Damit hat er sich aber auch einem Kurs auferlegt, den er nicht mehr Rückgängig machen konnte. Hätte er versucht, die Kriege zu stoppen, wäre es wahrscheinlicher gewesen, dass die Fremen ihn als Messias abgesägt hätten als das sie ihm gefolgt wären. Damit hätte er seine Machtbasis verloren.
Ein solches Verhalten konnte man bei den Juden beobachten. Sie hatten von ihrem Messias erwartet, dass er sie aus der Knechtschaft der Römer befreien würde. Da Jesus aber kein Kriegsherr und ganz andere Werte verkündete, als die Juden es kannten, haben sie ihn nicht als Messias akzeptiert und warten immernoch...

3) Die Muad'dib-Priesterschaft.
Um den Messias hat sich eine starke Priesterschaft formiert, die versucht, zwischen Muad'dib und dem Volk zu vermitteln. Sie predigen in seinem Namen und üben so einen starken Einfluss auf das Volk aus. Doch viele Priester sind korrupt und nutzen ihre Position aus um ihre eigenen Vorstellungen als die des Messias auszugeben und das Volk tut wie ihm geheißen.