Ich hatte ja auch mal versucht, da Licht ins Dunkel zu bringen und bin zu folgendem Ergebnis gekommen:
Es gibt eine von den Machern vorgesehene Reihenfolge, die z.B. auf farscape.com (oder farscapetv.com) zu finden ist. Die wurde auch dem SciFi-Channel nahegelegt, allerdings fanden die z.B. 1.02 "I, E.T." zu lahm, um sie als zweite Folge auszustrahlen und haben statt dessen 1.03 genommen. So kam die US-Ausstrahlungsreihenfolge zu stande, die dann auch auf den US-DVDs landete. Eine gute Gegenüberstellung der beiden Reihenfolgen gibt es bei snurcher.com. Wobei dort allerdings noch mit Produktionsnummern hantiert wird. Auf die sollte man aber nicht gar so viel Wert legen, da die Folgen einfach irgendwann Nummern bekommen, wenn ein Script fertig ist (so hat DALD z.B. Nummer 201 und nicht 208).
Ok, dann gibt es noch die UK-Ausstrahlungsreihenfolge, da sich die BBC auch noch was eigenes ausgedacht haben. Diese Reihenfolge ist dann auch auf unseren RC2-DVDs zu finden.
Ich hab nochmal nachgeschaut was das dt. Fernsehen anbelangt. SAT.1 hat sich in der 1. Staffel nach der US-Ausstrahlungsreihenfolge gerichtet, in der 2. dann nach UK. Premiere hat sich durchgehend an die UK-Reihenfolge gehalten.

Ich persönlich würde mich nach der offiziellen Reihenfolge richten, aber es ist wirklich nicht schlimm, wenn man irgendeine andere nimmt. Logikfehler entstehen dadurch jedenfalls nicht..