2 Gründe:

1.) Nach den Nietzscheanern kamen die Maggog. Meines Wissen wird auch in der Serie nicht explizit gesagt, wer von beiden Gruppen für den Untergang verantwortlich war.

2.) Die Nietzscheaner waren ja Teil des Commonwealth, es war also, wenn man so will, ein Bürgerkrieg, kein Krieg zw. 2 verschiedenen Imperien. So konnten die Nietzscheaner ihr Wissen und ihre Stellung im Commonwealth gegen selbiges verwenden. Beispiel ist Dylans XO, der ihn ja auch töten, und die Andromeda übernehmen wollte. Und man kann wohl davon ausgehen, das viele Ehrengarde-schiffe Nietzscheaner an Bord hatte.