also das wurde ja erklärt, der Doktor kann seinen Zustand je nach belieben zwischen physikalisch fest oder ohne stoffliche Form wechseln
Was mich allerdings wundert warum man den "Holo-Emiter" nicht nachgebaut und daraus eine holografische Armee erschaffen hat oder nicht mal eben 10.000 Holograme Programmiert die nichts machen außer Schiffe bauen (so lange wie eben Rohstoffe zur Verfügung stehen)
Danach diese Schiffe flächendeckend mit Holoprojektoren ausrüsten und schon hat man ne Armee von Schiffen die nur von Hologrammen gesteuert wird und folglich auch mehr riskiren können