Es gibt in der Tat einiges vom ersten Teil, was man auch im dritten wieder sieht. Da verhält es sich aber genau chronologisch umgekehrt. Nicht im einser wurden Spuren in den dreier gelegt, sondern im dreier wurden mögliche offene Angriffspunkte aus dem einser aufgegriffen, und das mehr schlecht als recht.
Ist schon klar das sie im dritten offene Enden aus dem ersten aufgreifen, ist anders doch auch nicht möglich. Aber ich glaube das sie die offenen Sachen extra eingestreut haben um sie in den weiteren Teilen aufzugreifen.
Wären keine weiteren Teile geplant gewesen, wäre die Szene mit dem Trainman im ersten Teil einfach überflüssig gewesen.

Wenn Euch das Ende so schlecht gefällt, was für ein Ende hättet Ihr Euch denn gewünscht? Eher Zerstörung der Matrix oder Vernichtung der Rebellen oder total offen wie Teil 1? Ich bin wirklich auf ernstgemeinte Vorschläge gespannt.