Eine Sache muss man hierbei alleridngs bedenken: Fansubs sind im Prinzip illegal.
Insbesondere wenn es für die jeweilige Serie schon deutsche Lizenzen gibt.

Ich hab mich mal durch ein paar Anime-Seiten gegooglet (bei Animes sind Fan-Subs ja sehr verbreitet):
1. Lizenzen werden länderspezifisch bzw. auf Sprachräume bezogen vergeben.
2. Prinzipiell kann man davon ausgehn, dass Ankündigungen und Veröffentlichungen ohne deutsche Untertitel oder Synchronisation auch nicht für Deutschland lizensiert sind.
Das würde für uns bedeuten, dass von Farscape die ersten 3 Staffeln in Deutschland lizensiert sind.
Und evtl. auch Staffel 4. Das hängt davon ab, ob sie für die hoffentlich baldige Ausstrahlung bei Premiere nun synchronisiert wird oder nicht.

Allerdings wären dann Fansubs auch nicht viel legaler. Denn auch wenn es für die vierte Staffel keine deutsche Lizenz gibt oder geben wird, also sie (noch) niemand gekauft hat, so gehört sie trotzdem immer noch Henson. Und deren Copyright würde man dann verletzen. Copyright gilt überall.

Gehen wir jetzt mal davon aus, dass wir trotzdem Fansubs erstellen wollen. Für den privaten Gebrauch, also z.B. für TBFC oder die regionalen Stammtische. So einen Fansub zu erstellen ist eine Menge Arbeit. Und auch wenn uns die miese Synchro der ersten drei Staffeln tierisch ärgert, wir sollten doch besser mit den Folgen anfangen, die noch nicht synchronisiert wurden (also Staffel 4), damit auch diejenigen endlich in den Genuß der neuen Folgen kommen, die kein Englisch können. Später könnte man sich dann ja immer noch die eine oder andere ältere Folge vorknöpfen.
Bevor wir uns allerdings darauf stürzen, sollten wir vielleicht doch besser abwarten, ob die Meldung, dass S4 auf Premiere nur im Original ausgestrahlt werden soll, tatsächlich stimmt. Denn sollte es tatsächlich eine Synchro geben, so mögen unsere Fan-Subs vielleicht im Endeffekt näher am Original sein, aber es wäre im Prinzip rausgeschmissene Zeit. Ich weiss nicht wie es euch geht, aber im Gegensatz zu scaperdeni ist meine Freizeit doch ziemlich begrenzt.

Zum technischen Aspekt: Es gibt viele unterschiedliche Subtitle-Formate, z.B. .srt und .sub. Und wie Prospero schon sagte, muss man diese beiden nicht in die Datei "hereinschneiden". Bei beiden handelt es sich nämlich um eine zusätzliche Datei, die jeweils nur ein paar KB groß ist, und die dann einfach ins gleiche Verzeichnis wie der Film gelegt wird. Mit einem entsprechenden Player (neben dem bsplayer kann ich auch noch den Zoom-Player empfehlen) kann man dann die Subtitles ein- und ausschalten. Darüber hinaus gibt es noch das Ogg-Vorbis-Format (.ogm). Dafür müsste man die Dateien aber komplett neucodieren, da die Subtitles (bis zu 7 verschiedene AFAIK) sowie auch mehrere Tonspuren alle in ein und derselben Datei enthalten sind.
Wie man solche Subs erstellt, weiss ich auch nicht genau, aber es gibt dafür ja genügend Guides.