Der Transwarp-Antrieb hat bei all seinen Vorteilen einen entscheidenen Nachteil: Man benutzt festgelegte Routen. Mit den Transwarp-Spulen, wie ihn Janeway in Dark Frontier aus der Borg-Sphäre klaut, wird lediglich ein Eingang in die Kanäle geschaffen, nicht jedoch der Kanal selber. Die Borg müssen also die Endpunkte der Transwarp-Kanäle kontrollieren um sicherzugehen, dass die Schwäche des Antriebs nicht gegen sie verwendet werden kann. Wir wir wissen, kann man einen Transwarp-Kanal zum kollabieren bringen.

Das Transwarp-Zentrum bei Endgame stellte ein Zusammentreffen mehrer Endpunkte von Transwarp-Kanälen dar. Von hier aus kann man an viele Punkte in der Galaxis gelangen, aber es ist auch eine Achillesferse, denn hiermit kann man weite Teile der Infrastruktur des Borgraumes zerstören (was die VOY ja getan hat). Man muss diesen Ort also gut schützen, ein paar Kuben reichen da einfach nicht, also muss ein Unikomplex her. Und wenn man den schon mal hat, kann man auch gleich Sprungtore für die einzelnen Kanäle bauen damit die Schiffe keine eigene Energie aufwenden müssen um in den Kanal zu gelangen.

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