Der BSG hat keine Deflektorschilde
Das stimmt so warscheinlich nicht. Commander Cain vom Kampfstern Pegasus spricht im zweiten Spielfilm eindeutig von "elektronischen Schutzschilden". Was einem Kampfstern ohne aktivierte Schutzschilde passiert, hat man gut im Kinofilm gesehen. Dort wurde der Kampfstern Atlantia in wenigen Minuten förmlich in Stücke geschossen, da er seine Schilde nicht hochgefahren hatte.

...während die Galactica mit ihren Jägerabfangwaffen kaum durch die Partikelschilde (die Galactica benutzt ja keine Energiewaffen) des ISD schlagen könnte
Natürlich besitzt die Galactica Energiewaffen. Die Bordkanonen wurden immer als "Turolaser" bezeichnet (sogar bei den Viper-Jägern). Demnach dürfte man hier die selbe Technologie haben, wie bei Star-Wars. Insgesamt besitzt ein Kampfstern allerdings nur 35 Turbolaserbatterien, was weniger als beim ISD ist. Dafür besitzt er aber einige Sprengwaffen der übelsten Sorte, welche im zweiten Spielfilm vorkamen und zwei Basisschiffe der Zylonen hintereinander vernichteten.

Mit der alten Galatica kenne ich mich leider nicht so genau aus, aber was ich von den Angaben ablesen kann, haben ISD und der „alte“ Kampfsterne ähnliche große Jägerzuladung, allerdings dürfte er weit weniger gut bewaffnet sein und hat auch keine Deflektorschilde, also dürfte es auch unschön Enden für den BSG.
Wie gesagt, scheinen Deflektorschilde sehr wohl vorhanden zu sein (eine der Kuppeln auf der oberen Galactica-Hülle soll der Schildgenerator sein). Die Jägerbestückung ist IMHO 74 Stück. Sie können aber im Notfall über 100 Jäger aufnehmen (siehe Kinofilm).

Was die Wahl der Serie betrifft:
Da sollten wir bei der alten Galactica bleiben. Diese entstand zur selben Zeit, wie die SW-Trilogie und ist den meisten Mitlesern sicherlich bekannt. Die neue Serie hingegen haben bestimmt erst wenige gesehen.

Edit:PS: Die Daten auf deiner Seite wirken mehr wie Fan Boy Zeug als wirklich offiziele Angaben und ich muss Amu zustimmen, dass man sie nicht wirklich nicht vergleichen kann, oder sollte.
Man kann eigentlich keine verschiedenen SF-Universen anhand fiktiver Daten vergleichen. Aber SW und BSG ähnenln sich zumindest visuell. Und dort könnte man eben visuelle Eindrücke wie Sprengkraft und Manöverierbarkeit der Schiffe vergleichen.