Da fragst du die Falsche.
Meiner Meinung nach hat sich der Virus nur minimal ausgebreitet und bloss den Aurora Missionsbericht und den Standort der Erde (neben allen anderen Welten) gehackt, darum wurde er nicht entdeckt. Der Virus hat das Computersystem nur irgendwie sondiert ("probe"). Und als das Hiveschiff Atlantis verliess, hat der Virus begonnen, die Daten zu zerstören.

Uebrigens, habt ihr schon gewusst?
Man nehme einen Wraith und gebe ihm den Retro-Virus und voilà...
...Man erhalte Legolas aus Herr der Ringe!