Also ich stelle mir das so vor. Zunächst befinden wir uns in Zeitlinie 1:

Sylar tötet Claire -> Hiro aus der Zukunft versucht Sylar zu töten, aber er scheitert -> daraufhin reist er nochmal in die Vergangenheit und gibt Peter den Auftrag Claire zu retten

Nach der Heroes-Zeitreise-Logik (so wie ich sie verstehe) kommt durch die erfolgreiche Rettung von Claire eine neue, zweite Zeitlinie zustande. Dort gilt:
Claire lebt, Hiro hat kein Attentat auf Sylar durchgeführt und Sylar ist daher trotzdem Präsident

Aber Logik und Zeitreisen sind eben so eine Sache. Denn letztlich lässt sich das Problem, warum jemand überhaupt in die Vergangenheit gereist ist, wenn er dort die Geschehnisse verändert, die überhaupt dazu geführt haben, dass er eine Reise machen will, nicht erklären. Gab's diese Gründe nun aufgrund der Änderung der Zeit nicht, wäre er ja nie zurückgereist. Dann hätte es aber die Änderung ja nie gegeben und er hätte wieder einen Grund zurückzureisen.
Bei Zeitreisen gibt's nun mal Paradoxa.