@DerBademeister: Das hast Du verwechselt - die USS Yamato (Galaxy-Klasse) wurde zerstört. Und die NCC-1701 sowie Enterprise ist meines Wissens mittlerweile (seit TNG & ST: V) die einzige Registrierung/der einzige Name, der ehrenhalber mit dem Anhängsel "-X" versehen wird.

Als die Yamato zum ersten Mal in der zweiten Staffel auftauch, hat sie zwar als Registrierungsnummer auch NCC-1305-E (glaube ich), aber das wurde dann in "Contagion" (die Iconianer-Folge) in die nun fünfstellige Nummer geändert.

Schiffsnamen, die mehrfach vergeben wurden sind neben Enterprise z.B.
Valiant: TOS & DS9 (Defiant-Klasse)
Saratoga: ST:IV & DS9 (in ST:IV hat sie auch das Format NCC-XXXX-X, die Saratoga, auf der Sisko gedient hat, hat allerdings NCC-XXXXX)
Defiant: TOS (Constitution-Klasse, wie die Enterprise) & DS9 (selbstredend; hier hat die Defiant aber nicht (&#33 die Registrierungsnummer behalten, denn das Originalschiff war die NX-74205, und die neue, umgetaufte USS Sao Paulo behielt ihre Reg, NCC-75633 o.s.ä., auf jeden fall 75XXX)
Excalibur: TOS (Constitution) & TNG (Ambassador)
Lexington: TOS (Constitution) & DS9 (Nebula)
Intrepid: TOS & VOY/DS9 (nur offscreen, aber da die USS Bellerophon und die USS Voyager fünfstellig sind...)

Das ist das, was mir so spontan einfällt...

Nachtrag: wenn's in Nemesis eine USS Valiant, Defiant-Klasse, gibt, muß das auch wieder eine neue sein, denn diejenige aus der DS9-Episode "Valiant" wurde ja zerstört...